Os ambientes aquáticos e de brejo reproduzem habitats típicos da Mata Atlântica: cascata, poço profundo, poço raso, fundo de areia, fundo de pedra, fundo lodoso, corredeira, lago raso, áreas de solo úmido, brejo com fundo arenoso, brejo com fundo lodoso e tanques de cultivo de plantas aquáticas e criação de peixes de riacho. Os anfíbios e peixes podem encontrar no interior da estufa o habitat mais favorável ao seu desenvolvimento e reprodução. A maior parte das bromélias existentes na estufa apresentam em seu interior o micro-ambiente ideal para algumas espécies de pererecas nativas.
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